谷仓边的废弃火车

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RASPA

1. 介绍

   RASPA是一个多用途的计算软件，由西北大学Snurr组主持开发，可用于气体、液体、分子筛、硅铝酸盐、金属有机骨架材料等的分子动力学（MD）以及蒙特卡洛模拟（MC），本人主要用其进行气体吸附的高通量计算。

LAMMPS命令

1. fix 命令

fix用于一组原子。在LAMMPS中，fix命令可认为是在某一时间段或能量最小化中对系统的任何操作。包括

• 原子的位置、速度的更新
• 控制温度
• 对原子团施加限制
• 更新边界条件等

若重新设置一个具有相同ID和设置的fix ，则在这之后旧的fix会被覆盖，对unfix也是如此。

某些fix 可计算三种量：全局变量；原子变量；局部变量。

2. unfix命令

删除先前设置的fix命令，同时也删除通过fix_modify 更新的任何设置

unfix 方法是删除fix的唯一方法，在一个fix之后新增一个fix 不会删除前一个。

非键作用

静电项

描述原子间静电作用，用库伦公式：

$$E_{AB}^{ele}(r_{AB}) = \frac{q_A q_B}{4\pi \varepsilon_0 r_{AB}}$$

范德华项

描述两个中性原子之间的非键相互作用。多数情况通过$Lennard Jones 12-6 $势函数表示：

$$E_{AB}^{vdW}(r_{AB}) = \frac{C_{12}}{r_{AB}^{12}}-\frac{C_{6}}{r_{AB}^{6}} = 4\varepsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r_{AB}}\right)^{12} - \left(\frac{\sigma}{r_{AB}}\right)^{6} \right]$$

范德华作用由交换互斥作用（exchange repulsive）和色散吸引（dispersion attractive）作用构成。理论可证明色散作用成$ 1/r^6$ 形式衰减，因此LJ 12-6势对于色散作用的描述是严格的。

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典型的LAMMPS input 文件流程

1. 初始化
   • 在设置原子或者从文件中读取数据之前初始化参数。
   • 相关的命令包括units, dimension, newton , processors, boundary, atom_style, atom_modify
   • 如果力场参数在文件中可读，相关的命令包括pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style, improper_style
2. 定义原子
   • 通过read_data 或 read_restart 命令读取文件中的数据
   • 通过盒子创建原子，lattice, region, create_box, create_atoms
   • 通过replicate 命令重复整个原子集以运行更大规模的模拟
3. 设置
   • 定义原子、分子拓扑结构之后，包括力场参数、模拟参数、输出选项等可设置
   • 力场参数通过以下命令进行设置， pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_bonds
   • 模拟参数可通过以下命令设置， neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_timestep, run_style, min_style, min_modify
4. 运行模拟
   • 使用run 命令开始模拟，使用minimize 命令进行能量最小化